Introdução
A imunoterapia contra o câncer é uma estratégia poderosa que utiliza o sistema imunológico para identificar e destruir células cancerígenas. Estudos clínicos bem-sucedidos e aprovações regulatórias estabeleceram vários tratamentos para múltiplos tipos de tumor.1 Infelizmente, apenas uma fração dos pacientes se beneficia de forma significativa da imunoterapia, resultando em uma necessidade de desenvolver métodos precisos para diferenciar os respondedores dos não respondedores.2-4
O tumor mutation burden (TMB, ou carga mutacional tumoral), ou o número de mutações não-sinônimas na região codificadora de um genoma tumoral, é um biomarcador emergente que se correlaciona à resposta a agentes imunoterápicos, tais como inibidores de checkpoint imunológicos (ou checkpoint inhibitors).2-4 Embora a TMB venha sendo historicamente avaliada por sequenciamento do exoma completo (whole exome sequencing ou WES), estudos recentes demonstraram que o TMB pode ser estimado efetivamente usando-se painéis de sequenciamento que abrangem 1,1 Mb ou mais de conteúdo genômico,5,6 proporcionando assim métodos que podem ser mais eficientes e compatíveis com os paradigmas atuais de testagem oncológica. Enquanto a utilidade clínica da TMB está sendo definida, estão em andamento esforços contínuos de padronizar a chamada da TMB entre os laboratórios e os fabricantes.
A instabilidade de microssatélite (MSI) é um biomarcador independente aprovado pela FDA (Agência de Alimentos e Medicamentos dos Estados Unidos) para a seleção de tumores sólidos responsivos a inibidores de checkpoint imunológicos.7,8 A MSI é tradicionalmente analisada por PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) (MSI-PCR) e imuno-histoquímica. No entanto, o NGS permite a análise de um número maior de loci de microssatélites do que a MSI-PCR, apresentando oportunidades de identificação de novos perfis de MSI em tipos de câncer anteriormente não caracterizados.9
O TruSight Oncology 500 é um ensaio de sequenciamento de nova geração (NGS) abrangente que avalia as regiões codificadoras de 523 genes envolvidos na patogênese de tumores sólidos. Usando técnicas de preparação de biblioteca baseada em enriquecimento para uso com amostras fixadas em formalina embebidas em parafina (FFPE), o TruSight Oncology 500 pode analisar DNA e RNA da mesma amostra, detectando variantes de nucleotídeo único (SNVs), indels (inserções e deleções), amplificações, variantes de splice e fusões, em uma única corrida de sequenciamento.
Além da detecção de variantes, o TruSight Oncology 500 oferece a capacidade de avaliação de biomarcadores de imunoterapia, incluindo o TMB e a MSI. O painel do TruSight Oncology 500 abrange 1,94 Mb de conteúdo genômico, embora o desempenho de detecção de TMB seja determinado pela análise de SNVs e indels nas regiões codificadoras, com sofisticada chamada de variantes e algoritmos de filtragem de variantes germinativas para garantir a acurácia (Figura 1). Esta nota de aplicação demonstra o uso do TruSight Oncology 500 na avaliação de TMB e de MSI, com alta concordância com o WES e a MSI-PCR.
(continua…)
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