Mesmo com a ampla adoção de painéis de PCR multiplex, capazes de detectar dezenas de agentes respiratórios em poucas horas, uma parcela das amostras clínicas permanece sem identificação etiológica. Na prática, isso significa que quadros compatíveis com infecção respiratória continuam evoluindo sem confirmação laboratorial, o que dificulta decisões terapêuticas, medidas de isolamento e estratégias de vigilância.
Esse cenário tem estimulado a busca por abordagens diagnósticas mais abrangentes, capazes de analisar a amostra sem depender de alvos previamente definidos. Nesse contexto, o sequenciamento metagenômico de nova geração, conhecido como mNGS, vem sendo avaliado como uma ferramenta complementar quando os testes moleculares direcionados não fornecem respostas conclusivas.
Um estudo publicado agora, em fevereiro de 2026, na Scientific Reports analisou amostras respiratórias coletadas em programas de vigilância epidemiológica que haviam apresentado resultado negativo em testes moleculares de rotina. Ao aplicar o mNGS em 305 dessas amostras, os pesquisadores identificaram vírus respiratórios humanos em cerca de 5 por cento dos casos. Entre os agentes detectados estavam Influenza C, bocavírus humano, rinovírus A e C, além de detecções pontuais de SARS-CoV-2. Em parte dessas amostras, foi possível recuperar genomas com alta cobertura, ampliando o valor do método para análises epidemiológicas e genômicas.
Além da detecção viral, o estudo descreveu situações em que uma única espécie bacteriana ou fúngica predominava na amostra. Esse achado sugere que resultados negativos em painéis moleculares podem ocultar cenários de baixa carga, variabilidade genética, degradação do material ou simplesmente agentes fora do escopo do teste utilizado.
As limitações do PCR, nesse contexto, não se restringem à execução analítica. O método depende de primers específicos e de regiões genômicas previamente conhecidas, o que reduz sua capacidade de detectar microrganismos raros, variantes altamente divergentes ou patógenos não incluídos no painel. Fatores pré analíticos, como o momento da coleta em relação à evolução da doença e a adequação da amostra, também exercem influência direta no desempenho do teste.
O mNGS se diferencia por analisar o conjunto do material genético presente na amostra. Após a separação das sequências humanas e microbianas, os fragmentos identificados são comparados com grandes bancos de dados, permitindo a detecção de agentes inesperados, coinfecções e, em alguns casos, a reconstrução de genomas completos. Estudos anteriores, especialmente em infecções do sistema nervoso central, já demonstraram ganho diagnóstico relevante em situações em que métodos convencionais não esclareceram a etiologia.
Apesar desse potencial, a interpretação dos resultados exige cautela. O sequenciamento metagenômico pode detectar DNA ou RNA de colonizantes, contaminantes ambientais ou resíduos genéticos sem relação direta com o quadro clínico atual. Além disso, diferentemente da cultura microbiológica, o mNGS geralmente não fornece informações diretas sobre suscetibilidade antimicrobiana, o que limita sua aplicação isolada na definição terapêutica.
Por esse motivo, iniciativas internacionais voltadas à qualidade em NGS reforçam a necessidade de estruturas robustas de governança laboratorial. Protocolos bem definidos, controles rigorosos de contaminação, pipelines bioinformáticos auditáveis e critérios claros de interpretação são fundamentais para que o método agregue valor real à prática clínica.
Na investigação de síndromes respiratórias, o uso do mNGS tende a ser mais apropriado em cenários específicos, como pacientes imunossuprimidos, quadros graves sem etiologia definida, suspeita de coinfecção ou contextos de vigilância epidemiológica. Nesses casos, o exame pode contribuir para encerrar investigações prolongadas, ajustar condutas clínicas ou apoiar decisões relacionadas ao controle de infecção.
O avanço da metagenômica na rotina assistencial não elimina o papel do PCR, que segue sendo rápido, acessível e altamente eficaz quando o alvo é conhecido. As evidências mais recentes apontam para um modelo de complementaridade. O desafio atual em mNGS está em garantir seu uso com critério, integrado ao raciocínio clínico e sustentado por práticas sólidas de qualidade e interpretação.
